Kể từ giữa những năm 1960, các công ty bắt đầu thiết lập liên kết dữ liệu với các đối tác thương mại để chuyển các tài liệu, chẳng hạn như hóa đơn và đơn đặt hàng. Lấy cảm hứng từ ý tưởng về văn phòng không giấy và chuyển dữ liệu đáng tin cậy hơn, họ đã phát triển các hệ thống EDI đầu tiên. Các hệ thống độc quyền này khá hiệu quả, nhưng cứng nhắc. Mỗi tập hợp các đối tác thương mại dường như có phương pháp trao đổi dữ liệu điện tử riêng của họ. Không có tiêu chuẩn mà bất kỳ đối tác thương mại nào cũng có thể lựa chọn.

Nhận thức được điều này, Uỷ ban tiêu chuẩn được công nhận X12, một tổ chức tiêu chuẩn dưới sự bảo trợ của ANSI, đã chuyển sang chuẩn hóa các quy trình EDI. Kết quả được biết đến ngày nay như là tiêu chuẩn ANSI X12 EDI.[5]

Đây vẫn là cách chính để trao đổi dữ liệu giao dịch giữa các đối tác thương mại cho đến những năm 1990, khi các công ty cung cấp các ứng dụng web giao diện người dùng mạnh mẽ hơn bắt đầu xuất hiện.

Các ứng dụng dựa trên web mới này có các chức năng phục vụ cho cả nhà cung cấp và khách hàng. Họ cho phép gửi trực tuyến các hóa đơn cá nhân cũng như các tệp tin tải lên EDI, bao gồm định dạng CSV, PDF và XML. Các dịch vụ này cho phép các nhà cung cấp xuất hoá đơn cho khách hàng để kết hợp và chấp thuận trong một ứng dụng web.

Các nhà cung cấp cũng có thể xem lịch sử của tất cả các hóa đơn mà họ đã gửi cho khách hàng của họ mà không có quyền truy cập trực tiếp vào hệ thống của khách hàng. Điều này là do tất cả thông tin giao dịch được lưu trữ trong các trung tâm dữ liệu của công ty bên thứ ba cung cấp ứng dụng web hoá đơn. Thông tin giao dịch này có thể được quy định bởi khách hàng để kiểm soát lượng thông tin mà nhà cung cấp được phép xem.

Khi các công ty tiến vào kỷ nguyên số, nhiều hơn và nhiều hơn nữa đang chuyển sang các dịch vụ lập hoá đơn điện tử để tự động hóa các bộ phận phải trả của họ. Nghiên cứu Lập hoá đơn điện tử Toàn cầu 2012 minh họa tỷ lệ hóa đơn bằng hoá đơn điện tử đang tăng lên. Theo nghiên cứu này, 73% số người được hỏi sử dụng hóa đơn điện tử ở mức độ nào trong năm 2012, tăng 14% so với năm 2011. kháng Nhà cung cấp e-hóa đơn đã giảm từ 46% năm 2011 lên 26% vào năm 2012.

Theo một Báo cáo do GXS thực hiện vào năm 2013, Châu Âu đang áp dụng chính sách của chính phủ khuyến khích các doanh nghiệp áp dụng thực tiễn lập hoá đơn điện tử. Kho bạc Hoa Kỳ ước tính rằng việc áp dụng hoá đơn điện tử trên toàn bộ chính phủ liên bang sẽ giảm 50% chi phí và tiết kiệm được 450 triệu đô la hàng năm.[6]